Novodobá historie po roce 2000 (FK Dukla Praha)

Hráči, kteří končili mládežnický věk, však postrádali v klubu uplatnění a návaznost v podobě mužstva dospělých. FK Dukla Praha proto v roce 2001 získala spojením s Duklou Dejvice k mládežnickým týmům právě chybějící mužstvo dospělých a vrátila tak klubu zpět ucelenou kontinuitu.

Jméno slavného klubu se tak po krátké odmlce znovu objevuje v soutěži dospělých – v pražském přeboru. Avšak mužstvo se potýká s nedostatečným počtem kvalitních hráčů, kádr je pravidelně doplňován o dorostence, a tak klub po dvouletém působení v páté nejvyšší soutěži v sezóně 2002/03 sestupuje do I. A třídy. V té krize vrcholí a »A« mužstvo se po podzimní části sezóny potácí nad pásmem sestupu.

V zimní přestávce ovšem dochází k výraznému zvratu. Do FK Dukla Praha vstupuje silný ekonomický partner, přicházejí kvalitní hráči a dochází tak k celkové stabilizaci v klubu. Mužstvo bez ztráty bodu v jarní části sezóny 2003/04 mění sestupové starosti v postupovou radost a otáčí kormidlo svých dějin zpět ke světlejším zítřkům.

K významnému posunu došlo před začátekem ročníku 2007/08. Majitel klubu Fotbal Jakubčovice se rozhodl převést druholigovou licenci na nově vzniklou akciovou společnost FK Dukla Praha. Po deseti letech se tak na Julisku vrátil profesionální fotbal. Začínalo se téměř na zelené louce, bylo potřeba sestavit kádr hráčů, vybudovat strukturu klubu. V těžké konkurenci bojovala Dukla prvním rokem o záchranu, ale druholigovou příslušnost uhájila.

Po skončení ročníku, v červnu 2008, došlo k prodeji akcií klubu a objevil se nový partner. Což se téměř okamžitě projevilo zkvalitňováním kádru. Jako první přišli zkušení fotbalisté - střední obránce Jiří Novotný a útočník Michal Kolomazník.